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La diferencia en una frase
Son archivos de instrucciones que pueden compartir reglas. Qué nombres se cargan y cómo se aplican depende de la herramienta y su configuración; se comprueba en su documentación.
Cuándo usar cada uno
Usa el nombre que lea tu herramienta. Si trabajas con Claude Code, CLAUDE.md; si trabajas con otra que pida AGENTS.md, ese. Si usas varias herramientas a la vez, puedes tener los dos archivos con el mismo contenido dentro, para no repetirlo. Antes de elegir, abre la documentación de tu herramienta y busca qué archivo carga al arrancar: el nombre correcto está ahí, no en la costumbre.
Ejemplo práctico
Una tienda en línea escribe sus instrucciones una vez. Trabaja con Claude Code, así que las guarda en un archivo llamado CLAUDE.md en la raíz del proyecto. Un día prueba otra herramienta que busca AGENTS.md: copia el mismo contenido a un archivo con ese nombre. Mismo contenido, dos nombres, y cada herramienta puede cargar uno o ambos; compruébalo en su configuración. Así no escribe las reglas dos veces y puede mantenerlas iguales.
Así no
Creer que son dos cosas distintas y escribir cada una de cero, o discutir cuál es «la buena».
Así sí
Escribir las instrucciones una vez y guardarlas con el nombre que lea tu herramienta; si usas dos, duplicar el contenido.
Pueden compartir reglas; comprueba qué archivos carga tu herramienta y cómo los aplica.
El error típico
Creer que son dos cosas distintas y escribir cada una de cero, o discutir cuál es «la buena». Son archivos de instrucciones que pueden compartir reglas; qué nombres se cargan y cómo se aplican depende de la herramienta y su configuración. Antes de decidir, comprueba en su documentación qué nombre carga.
No lo confundas con
Las instrucciones del sistema. Esas configuran la herramienta o el modelo; CLAUDE.md y AGENTS.md viven en tu proyecto y describen cómo trabajar en él.